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王遵亮同学顺利通过博士论文答辩  

2011-05-26 18:13:27|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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        昨天下午4-6点,王遵亮同学顺利通过博士论文答辩。虽然作为一个在职攻读博士学位的同学,王遵亮经历了许多困难,但终于走到了今天,使得他自己能够在这个一开始他完全陌生的研究领域取得了较好的研究成果。得到了答辩委员会的肯定。 

王遵亮同学的博士学位论文《氧化硅及纳米金表面DNA探针的分子动力学模拟》针对目前表征DNA微阵列在纳米结构表面的实验数据不足,有效地利用CHARMM分子力场方法,构建了由固定于纳米金及氧化硅平面的DNA探针所构成的分子识别界面模型系统,并应用该模型系统研究了诸如探针表面密度分布对DNA探针构象变化的影响、界面静电因素的影响、DNA探针于固液界面上的构象变化行为等

本论文采用这种分子动力学模型,设计在羟基/羧基改性的氧化硅平面上构建了7个单链DNA阵列和发夹型DNA分子链探针,以及羟基/羧基改性的金纳米颗粒表面上构建单链DNA探针,发现了钠、镁离子溶液对DNA分子链的构象变化、分子链弯曲,倾斜和功能有效半径等有明显的差别性影响;同时基底表面的电荷也对DNA分子链构象及其发夹弯曲等形态产生重要影响。本论文该项创新性的模拟结果对利用DNA的构象行为进行靶序列杂交反应、提高DNA阵列检测的灵敏度,提供了一个新思路和理论研究的途径。

总之,该论文的研究结果提出了一个行之有效的、从分子水平上认识DNA探针结构的动力学模拟研究方法,在生物信息检测领域上具有创新性和重要的理论指导意义,而且还对更好地开发DNA微阵列及纳米金核酸检测实际应用打下了一定的理论基础,为利用DNA的构象行为进行靶序列杂交反应和提高DNA阵列检测的灵敏度提供了一个新思路。

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